建立在念佛往生基礎上的因果報應說，是印光大師佛學思想的重點之一。他以「因果為本」，「重在行持修證」，諄諄教導淨土學人。他在『標本同治錄』序中寫道：
    「因果者，聖人治天下，佛度眾生之大權也。約佛法論，從凡夫地，乃至佛果，所有諸法皆不出因果之外。約世法論，何獨不然。故孔子贊周易也。最初即曰，積善之家必有餘慶，積不善之家必有餘殃。夫積善、積不善，因也；餘慶、餘殃則果矣。又既有餘慶、餘殃，豈無本慶、本殃。本慶、本殃，乃積善、積不善之人，來生後世所得之果。當大於餘慶、餘殃之得諸子孫者，百千萬凡夫不得而見，何可認為無乎？經云：『欲知前世因，今生受者是；欲知來世果，今生作者是』。洪範乃大禹所著，箕子以陳於武王者，末後五福六極之說，發明三世因果之義，極其確切！宋儒謂，佛說三世因果、六道輪迴，乃為騙愚夫愚婦奉彼教之據，實無其事。斷以人死之後，形既朽滅，神亦飄散。縱有判斫舂磨，將何所施？神已散矣，令誰受生。在彼斷其必無因果，而『春秋傳』、『史記』中每有冤殺者作祟，蒙恩者報德，種種事實，悉是前賢為佛教騙人之據乎？既無因果無有後世，則堯舜同歸於盡，誰肯孳孳修持，以求身後之虛名乎。以實我已無，虛名何用？由茲善無以勸，惡無以懲。」
    『阿彌陀經』說：「不可以少善根福德因緣得生彼國。」而培福修善，只有從深信因果入手。印度的業報論與中國的因果觀有著明顯的區別。印度業報論強調自作自受，佛教又依據「未作不起，已作不失」的原理，提出事物既有起因，必有結果的論點。善因得善報，惡因得惡報，而因果通三世，所作業不亡。這與傳統的儒家的類似因果思想有所不同。儒家的「積善之家必有餘慶，積不善之家必有餘殃」，所指主宰報應是上天、鬼神，報應的主體不是行為者本人，而是他的家庭和子孫。佛陀在『雜阿含經』中明確指出：「施者行施，施者受報」的道理，善惡因果，各自負責。『地藏經』也揭示：「在生不修善因，多造眾罪，命終之後，眷屬小大為造福利。一切聖事，七分之中而乃獲一；六分功德，生者自受。」所以東晉郗超在他所著『奉法要』中指出：佛教的業報論、輪迴說與我國傳統的倫理觀念不可混淆。他強調報應是個人的事情，「為善者自獲福果，為惡者自受其殃，百代通典。哲王御世，猶無淫濫，不以情者而令罪福錯受，善惡無章。其誣理者，固亦深矣。」說明善人受罪，惡人得福，理所不容。他又引『泥洹經』所說：「父作不惡，子不代受，子作不善，父亦不受。」再次論證佛教的因果學說與以家族血緣為基礎的善惡報應的倫理觀念有著本質的區別。以後慧遠作『三報論』，依據『阿毗曇心論』中「若業現法報，次受於生報，後報亦復然，餘則說不定」這首偈，系統地發揮了因果通三世的學說，既闡明印度佛教的因果論點，又創立適應中國傳統的新見解。只有在明確這一因果概念的前提下，才能實踐「諸惡莫作，眾善奉行，自淨其意」。不斷累積福德，滋養善根。
    在『與衛錦書』中，印祖寫道：
    「經云：菩薩畏因，眾生畏果。菩薩恐遭惡果，預先斷除惡因，由是罪障消滅，功德圓滿，直至成佛而後已。眾生常作惡因，欲免惡果，譬如當日避影，徒勞奔馳。每見無知愚人，稍作微善即望大福，一遇逆境便謂作善獲殃，無有因果。從茲退悔初心，反謗佛法。豈知報通三世，轉變由心之奧旨乎！報通三世者，現生作善作惡，現生獲福獲殃，謂之現報。今生作善作惡，來生獲福獲殃，謂之生報。今生作善作惡，第三生，或第四生，或十百千萬生，或至無量無邊劫後，方受福受殃者，謂之後報，後報則遲早不定。凡所作業，決無不報者。轉變由心者，譬如有人所造惡業，當永墮地獄，長劫受苦。其人後來生大慚愧，發大菩提心，改惡從善，誦經念佛，自行化他，求生西方。由是之故，現生或被人輕賤，或稍得病苦，或略受貧窮，與彼一切不如意事，先所作永墮地獄長劫受苦之業，即便消滅，尚復能了生脫死，超凡入聖。『金剛經』所謂：若有人受持此經，為人輕賤，是人先世罪業，應墮惡道，以今世人輕賤故，先世罪業即為消滅，當得阿耨多羅三藐三菩提者，即轉變由心之義也。」
    明因識果，才能實行「我昔所造諸惡業，皆由無始貪瞋癡，從身語意之所生，一切我今皆懺悔。」這是由染轉淨的途徑。『維摩詰經』說：「唯其心淨，則佛土淨。」關鍵就在於此。印祖在『復康寄遙書』中指出：
    「念佛雖能滅宿業，然須生大慚愧、生大怖畏，轉眾生之損人利己心，行菩薩之普利眾生行，則若宿業、若現業，皆仗此大菩提心之佛號光明，為之消滅盡也。」印祖以因果為本，重在行持修證，他在此信中還說：
    「念佛法門，以信願行三法為宗，以菩提心為根本，以是心作佛，、是心是佛為因該果海，果徹因源之實義，以都攝六根，淨念相繼，為下手最切要之功夫，由是而行，再能以四宏誓願，常不離心，則心與佛合，心與道合，現生即入聖流，臨終直登上品，庶不負此生矣。」
    在『申述因果原理，並以事實證明』一文中談到某居士請問「挽回劫運之方」時，印祖答道：「此易易事，在明因果之理，而篤行之耳。」明因識果只是開始，重要的在於行持實證，他在『復無錫佛學社書』中說：「若不注重躬行，只期多知多見，必致矜己傲物，排因撥果。」諄諄教導我們：不注重實行，而只求廣學多聞，結果會陷入撥無因果的罪惡，因此在深信因果的同時，必須致力於「敦倫盡分，剋邪存誠，諸惡莫作，眾善奉行，信願念佛，求生西方，實行而博學，由博學而得宗，如是則決定現生優入聖賢之域，臨終即入極樂之邦矣。」（同上書）在『一函遍復』中，印祖寫道：
    「念佛之人，必須孝養父母，奉事師長，慈心不殺，修十善業，又須父慈子孝，兄友弟恭，夫和婦順，主仁輔忠，格盡己分，不計他對我之盡分與否，我總要盡我之分能於家庭，及與社會，盡誼盡分，是名善人。善人念佛求生西方，決定臨終，即得往生。以其心與佛合，故感佛慈接引也。若雖常念佛，心不依道，或於父母兄弟，妻室兒女，朋友鄉黨，不能盡分，則心與佛背，便難往生，以自心發生障礙，佛亦無由垂慈接引也。」
    印祖在『復陳伯達書』中說：「學佛之人，先以知因果，慎獨上下手。既能慎獨，則邪念自消，何至有所不如法處。若有則當令斷滅，方為真實行履。否則學在一邊，行在一邊，知見愈高，行履愈下，此今學佛自稱通家者之貼骨大瘡。倘能以不二過自期，則學得一分，便得一分之實益矣。」印祖本人在以「因果為本，重在修證」的方向指引下，精進行持，身教勝於言教，果然蒙佛接引，往生西方，樹立了典範。
    重溫印祖遺教，針砭時弊，確有現實指導意義，現今學佛人，對祈福荐亡甚感興趣，對不明因果，不重修證，真是捨本逐末，離道愈遠。尤其淨土學人，欲求往生西方，應當遵循印祖指引的「以因果為本，重在行持修證」的方向，深信因果，止惡修善，淨化身口意三業，老實念佛，達到一心不亂，臨終決定往生！
    佛曆二五三六年壬申清明  於上海佛教居士林
補白：
    身語意業不造惡   不惱世間諸有情
    正念觀知欲境空   無有之苦當遠離