已說第八識之三相門，即自相、果相與因相，其中唯有因相（種子相），義相難知，故今重明因相。依述記分兩大科：（甲）、明種子相。（乙）、辯熏習義。
    茲先說明（甲）、種子相，成唯識識論卷二載以十門分別種子，即（一）出體（二）一異分別（三）辨種假實（四）二諦分別（五）判屬相分（六）三性分別（七）明本新義（八）具義多少（九）雙辨內外生引二因（十）四緣分別。今即逐一研究之：
    （一）出體──問：「本識中何法名為種子？」
                  答：「本識中親生自果功能差別。」要義有三：
    1 「本識」二字，即顯示種子所在之處，並簡別小乘經量部譬喻師之執著，彼謂色心能持種子。
    2 「親生自果」，正出種子相。今所言「種子」者，但取等流習氣（此等種子與所生之果，同一流類也），如眼識種子，親生眼識自果等。此即簡別「異熟因」（善惡業種子），以其望所生果（第八識或前六識一分）是無記性，因通善惡，果唯無記，因果異類，則非今所言之種子相。
    3 「功能差別」，功能者，謂種子有生果之作用，名為功能。差別者，顯示此等種子，非只一種，色心等種，生色心等現，其類非一，故名差別。
    （二）一異分別
    1立宗──種子與本識，及所生之果，不一不異。
    2說明──體用因果，理應爾故。唯識心要云：「本識為體，種子為用。種子為因，所生為果，體是能藏，用是所藏，因是能生，果是所生，故不一。離體無用，離因無果，故不異也。」
    述記第二末云：「本識望種，四出體門中，攝相（種子）歸性（本識），故皆無記（故不異也）。種從現行，望於本識，相（種子）用（現行）別論，故通三性（故不一也）。」    按「四出體門」者，乃本宗對所有存在諸法之本體，立四種軌範也。即（1）攝相歸性門（2）攝境從心門（3）攝假隨實門（4）性用別論門，前三即「不異」門，第四即「不一」門。詳見相宗綱要可也。
    述記又云：種子與本識，若即是一，則不可說為有因果法，有體用法。若一向異，則應穀麥能生豆等，以許因果一向異故。
    （三）辨種假實
    1 正釋──斷定種子實有，謂種子望諸法，是親因緣（親生自果），故其體實有也。此亦簡別「生」等不相應行，彼非諸法之因，何以故？「生」等望諸法，非是親因緣故，「生」等不相應行，只是在諸法上假施設故，如依色心諸法仗緣顯現假立為「生」，故「生」並非「諸法」之因，「諸法」並非「生」之果。故述記云：「生等假法，如龜毛等，體是無法，非因緣故。種子望法，即是因緣，故體實有。」
    2 釋妨──安慧等難云：
      宗──此種子是假非實。
      因──與諸法非一異故。
      喻──如瓶等。（泥團與瓶非一異故）
      論主質問云：
    「若謂種子與諸法，非一非異，便說種子假而非實者，真如亦與諸法，非一非異，真如亦應是假而非實！」
    設彼救言：「真如亦假，不起故，如空華。」即可斥云：真如若無，便無真勝義諦，真勝義諦無故，世俗諦亦無。真俗相依而建立故，俗依真立，真依俗顯，譬如色依空住，空依色顯，撥無二諦，是惡取空，諸佛說為不可治者！當知種子與真如，皆實有也。
    （四）二諦分別
    成唯識論卷二云：「然諸種子，唯世俗說為實有，不同真如（是勝義實有也）。」即在世俗諦中，種子可名為實有，若約勝義諦言之，則如幻如夢，了無真實也。
    述記第二末云：「真如唯是勝義勝義，種子不然，非唯勝義（世間勝義），亦通世俗，道理世俗故。今顯異於勝義故，說唯依世俗，非不通勝義也。」如下表可知：（表參見p10上段）
        世間世俗
四重    道理世俗──世間勝義（種子）
二諦    證得世俗──道理勝義
        勝義世俗──證得勝義
                    勝義勝義（真如）
    欲知「四重二諦」之義，參見相宗綱要可也。
    （五）判屬相分
    成唯識論卷二云：「種子雖依第八識體，而是此識相分，非餘（三分）。」何以故？「見分恆取此（種子）為（親所緣緣）境故。」判種子屬於相分。
    然尚須料簡者，即判屬相分之種，唯是指有漏法種也；若是無漏法種，雖亦依附本識之自體分，而非本識自體分攝，何以故？性相乖故，漏無漏殊故，非見分所緣之相分也。
    （六）三性分別
    （1）正判
    1諸有漏種，若約「依體門」言，則是無記性攝，何以故？與第八識，體無別故，性類是同，唯是無記。若約「功能差別門」言，則是通三性，何以故？彼能生之因（指前七現行熏種之因）與所生之果（指種子所發七現行果），皆通三性故。
    2諸無漏種，非第八識體所攝，故非無記。即諸無漏種之體性，不順本識故，又性類別，能治所治，漏無漏殊，不可相即也。
    問：無漏種既不從本識，名無記性，此為何性？
    答：因果俱是善性攝故，唯名為善。法爾一切無漏之法，順理違生，無惡與無記也。   （2）釋妨
    問：「若無漏種非是異熟識性所攝，何故瑜伽攝決擇分說二十二根一切皆有異熟種子，又說一切皆異熟生耶？」（按二十二根即眼等六根、男女根、命根、苦等五受根、信等五善根及三無漏根）
    答：「二十二根中之三無漏根，瑜伽雖名之為異熟，而非無記，何以故？
    1約所依得名──三無漏種，以依異熟識故瑜伽名之為異熟種。雖名異熟，而非無記，異性相依故，即能依無漏種是善，所依異熟是無記。例如眼識等，依眼等根，識通三性，根唯無記，豈善眼識等，不許其依無記根耶？
    2約轉變得名──或此無漏種，由聞思修熏習力，轉變至成熟位，與本種異，故立異熟名，即轉變已，而方成熟，能生現行。非如善惡而為因故，所招無記性所攝之異熟也。（即非是因果性別云「異」，果起酬因，說名為「熟」之異熟也；而是種變異時，果方熟故，說三無漏種名為異熟也。）
    ◎補注「三無漏根」，係以信、進、念、定、慧、意、喜、樂、捨等九根為體而立，以其有增上之力用，能產生無漏清淨之聖法，故稱為根。
    （1）未知當知根──見道十五心之中，所有信等九根，正屬無漏，以是出世無間道故，未證解脫，故名「未知」，無間必證，故名「當知」，故以此為「未知當知根本位」也。「加行」近能引發此位，「資糧」遠能資生此位。
    （2）已知根──始從「見道最後剎那」（1二乘第十六心證預流果2菩薩無分別智登歡喜地，皆名「見道最後剎那」），乃至「金剛喻定」（1那含最後心2等覺最後心，皆名「金剛喻定」），所有信等無漏九根，皆是已知根性（1二乘已證我空真如2菩薩已證法空真如，故皆名「已知根」。）
    （3）具知根──諸無學位，無漏九根，一切皆是具知根性（1羅漢、支佛，圓證生空2諸佛如來，圓證法空，故皆名具知根也3八地已上，亦名無學，望於二乘，則名具知根，望於如來，猶名已知根。）
    「未知當知根」於得「已知根」有增上用，「已知根」於得「具知根」有增上用，「具知根」於得「涅槃」有增上用。
    「三無漏根」自性如是，諸餘門義，如瑜伽師地論五十七卷中廣明也。