述記以十門分別種子，前已說其六門，今續說第七門「明本新義」，即說明種子之由來，有三家說法：
    一、種子本有（護月論師等）
    二、種子新熏（難陀論師等）
    三、本新合論（護法正義）
    今先說護月論師之「本有」義，於中有四，（一）標宗（二）釋難（三）引證（四）立理，分述如下：
    （一）標宗──一切種子，不論有漏、無漏，皆是本來具有，含藏於第八識中，並非由於新熏而生。
    （二）釋難──問何以諸經論言：種子由熏習而有？
    答：由熏習力，但可增長本來固有之種子耳，種子並非新成也。
    （三）引證──又分三點，（1）引證有漏無漏種本有（2）引證唯無漏種本有（3）有漏種例同。分述如下：
    （1）引證有漏無漏種本有
    無盡意經言：「一切有情，無始時來，有種種界，如惡叉聚，法爾而有。」「界」，即是「種子」之別名，本宗將一切法之種子，稱之為「界」，有根本或基因之義。
    又「惡叉聚」者，「惡叉」，梵語，此云「綖貫珠」。樹名，亦是果實名，其果實呈紫色且三粒同一蒂，印度人多取以染物或榨油，其果核可作念珠，又其果實落在地時，三粒多聚一處，故稱為「惡叉聚」，用以比喻種子於一聚中。「法爾」有多品類也。（「法爾」者，與「自爾」、「自然」同，即不假他之造作，其法自然如此也。）
    又阿毘達磨經言︰「無始時來界，一切法等依」，「界」是「因」義，謂此種子，無始時來，展轉相續，親生諸法，又為諸法所依止也。此亦證明「種子」本有也。
    又瑜伽論卷二亦說：「諸種子體，無始時來，性雖本有，而由染淨業，新所熏發。」意即有漏、無漏種子，雖皆本有，然要由染淨現行重新熏習，才能令本有種子增長成熟。
    瑜伽論卷二又云：「諸有情類，無始時來，若般涅槃法者，一切種子，皆悉具足，不般涅槃法者，便闕三種菩提種子。」意即諸有情眾生，自無始時來，若有堪入涅槃之真理者，則有漏、無漏種子，皆悉具足。若不堪入涅槃之真理者，則有漏、無漏種子，皆悉具足。若不堪入涅槃之真理者，便闕如來、緣覺、聲聞三種菩提種子。以上論文，亦皆證明有漏、無漏種，皆是本有。
    如上所引經論，證明「種子本有」之文字，可謂屢見不鮮，非僅一說也。
    （2）引證唯無漏種本有
    入楞伽經卷二載，諸有情類，既說本有五種性別，故應定有法爾無漏種子，不由熏生。    按「五種性別」者，乃本宗將一切有情眾生之機類，分為五種，而定可成佛，或不可成佛之說。列表說明如下：（表參見p9下段）


           聲聞性──具有可證阿羅漢果之無漏種子者
五性眾生   緣覺性──具有可證辟支佛果之無漏種子者
           菩薩性──具有可證佛果之無漏種子者
           不定性──具有二種或三種之無漏種子者    菩薩聲聞二性不定           闡提性    法爾不具無漏種子              菩薩緣覺二性不定                     唯具人天有漏種子              聲聞緣覺二性不定                                                   聲聞緣覺菩薩三性不定               菩薩性── 全成佛
五性眾生       聲聞性
成不成佛       緣覺性     不成佛
               闡提性
               不定性    聲緣──不成佛
                         菩、聲                   半成佛                         菩、緣          成佛 
                       菩、聲、緣
    又瑜伽論卷五十七載，二十二根中，地獄眾生成就「三無漏根」之種子，只是未起現行耳。（按「三無漏根」即1未知當知根2已知根3具知根，如上期所說。）
    又地持經、善戒經等亦說：從無始展轉傳來，法爾所得「本性住姓」，亦名「本性住種性」，謂此一種性，乃自無始來，即依附於第八阿賴耶識中之大乘無漏種子也，縱令受六道四生之輪迴，彼仍安住於第八識中，永不失壞也。
    由以上所引之經論，即可證知「無漏種子」，法爾本有，不從熏生也。
    （3）有漏種例同
    上來所言之「無漏種子」，無始以來，未起現行，尚且是法爾本有，至於「有漏種子」，無始以來，曾起現行故，無需特別引經論證明，亦可例知，確是法爾本有，不從熏生，但由熏習增長。
    （四）立理
    問：上來雖引經論，證明種子法爾本有，然此有何理？
    答：「如是建立，因果不亂。」此義云何？
       （1）本識中本有種子，由諸轉識，熏令增長，則漏仍熏漏，無漏仍熏無漏。現熏種時，現因種果；種起現時，種因現果，漏無漏別，如是建立因果不亂。故述記云：「諸法種子，初但有一物，後生果時，可無雜亂，若更有新熏，或唯新熏者，種子便多，後生果時，從何種起？新熏、法爾，功能既齊，有生不生，因果便亂！」
       （2）無漏種子，未增長位，名「本性住姓」（先天具足不變者），後增長已，名「習所成姓」（後天修行而得者）。有漏種子亦爾，本有未熏增，名「本性住種」，從熏增已，名「習所成種」，若唯新熏，何以為「本性住種」？
       （3）若無本有無漏種子者，「見道」如何生？（「見道」者，以無漏智，斷惑證真之修行階位也。）
    總之：護月論師以為唯有建立「種子本有」論，方可確立因果律。
    以上「種子」由來之第一家說法已研竟。