唯識家對種子之由來，有三家不同之觀點，即：
    一、種子本有（護月論師等）
    二、種子新熏（難陀論師等）
    三、本新合論（護法正義）
    上回已釋第一家之說法，謂種子法爾本有，不從熏生。今續釋第二家之說法，謂種子唯是新熏，非法爾本有也。（「法爾」，自然之義。）茲分四點研究：
  （一）立宗──一切有漏、無漏種子，皆法爾新熏而生。
  （二）釋難──問：「種子若是新熏而生，何故前所引之無盡意經言：『無始時來，有種種界』」？」（「界」，即「種子」之別名。）
    答：有漏所熏、能熏，俱無始有，故諸有漏種子，無始成就。（述記云：「無漏法」在凡夫位，不能生起，故不能說「無漏」能熏亦無始有！唯可說「有漏」能熏，無始時有，故唯有漏種子，無始成就。），故契經云：「無始時來，有種種界。」謂無始時來，即有種種有漏種子也。
    以上問答乃「通妨」也（打通對經義疑惑而生之障礙也）
    以下「約義明熏」，即就意義上說明種子皆由熏習而生。
    成唯識論卷二言：「種子」既是「習氣」異名，故諸種子，必由熏習而生，譬如胡麻中，所有香氣並非本有，必假香華熏習方得香也。（述記云：「西方欲作塗身香油，先以香華，和於苣藤，聚之一處，令便極爛，後以押油，油遂香馥。」苣藤者，蔓草類，開白色或赤色之花，甚為芳香，種子可提煉香油，翻譯名義集卷八謂此植物又稱苣藤子，即胡麻也。）    以上推理，若寫成因明之三段論式即：
    宗──種子皆熏故生。
    因──習氣必由熏習有故。（按：「習氣」即「種子」之異名）
    喻──如麻香氣。
  （三）曰引證──又分二（一）引教（二）引理。今先「引教」證：
    多界經云：「諸有情心，染淨諸法所熏習故，無量種子之所積集。」謂一切有情之心識，皆由染淨諸法所熏習之故，方有無量種子之積集於心識之中，由此可見，一切有漏、無漏種子，皆法爾新熏而生。
    又攝大乘論卷二云：「內種定有熏習，外種熏習或有或無。」內種，指本識中所含藏之種子，是實有故（依道理世俗，說為實有，不同「真如」是勝義有），決定由熏習而有。外種，指穀麥等種，是假法，以是本識中「共中不共」種子所生之現行法也，故云「或有熏習」。又穀麥等無情生物，自有根種展轉相傳，故云。「或無熏習」。
    攝論既云：「內種定有熏習」可知種子必由熏習而生。
    次「引理」證──初證有漏（表請參閱P9）
                    後證無漏
    今初證「有漏」種，皆法爾熏生。
    成唯識論卷二云︰「名言等三種熏習，總攝一切有漏法種，彼三既由熏習而有，故有漏種，必藉熏生。」若有漏種，是法爾本有，則此三種熏習，應攝種不盡！
    按「三種熏習」者（1）名言熏習──依名言熏習所成有為法之各別親因緣種子。（2）我執熏習──由虛妄執我、我所，熏習而成，令有情等，起自他差別之種子也。（此亦「名言熏習」也，以令有情自他差別，故別立之。）（3）有支熏習──依「有支」（即十二因緣中之「行支」、「有支」也。「行支」，指依無明所造之善惡業：「有支」，指由愛取所驅使，所造之有漏業。）熏習所成，能招三界異熟果之業種子也。
    以上證明有漏種（即上述三種習氣），皆熏故生。
    續引證無漏種，亦是熏生。
    攝大乘論釋第三卷出世間淨章記載，無漏種子，亦由熏習而生，故諸聖教說有「聞熏習」，所謂「聞熏習」即指聞最清淨法界等流正法，依此正聞而熏習成之種子，能生出世無漏心故。
    按「最清淨法界等流正法」者，即諸佛菩薩以「根本智」證最清淨法界妙理（為簡異二乘所證法界，故云「最清淨法界」，永離一切客塵障故），再以「後得智」，隨順眾生，流出語言文字，詮顯最清淨法界妙理，令諸眾生，尋名取悟，此所流出之「正法」（三藏十二部經典也），與最清淨法界妙理相應，故名「等流」。行者一心恭敬，無倒聽聞如是正法，謂之「正聞」，依此正聞所起熏習，則謂之「聞熏習」。述記第二末引攝論說：由「聞熏習」所生之種子，若在地前，則是有漏種，雖是有漏種，卻是出世心之種子性，故即以此有漏種，作為菩薩見道之因。總之：難陀論師等主張決無法爾無漏種子。
    （四）會違
    （1）會本有五種性別
    問：若唯新熏，如何入楞伽經等說：諸有情本有五種性差別？可見定有法爾無漏種子，不由熏生！
    答：有情本來種性差別，不由無漏種子之有無施設，但依有障無障建立！（即是約煩惱障及所知障有無建立也，何關無漏種子有無耶？）
    何以知之？如瑜伽論五十二卷說：於真如境，二障畢竟不可斷者，立為「不般涅槃法性」（即「一闡提」也，斷絕一切善根，無法成佛者。）唯不可斷所知障者，一分立為聲聞種性，一分立為獨覺種性。（按聲聞與緣覺，斷障雖同，同斷四住煩惱故，唯根有利鈍，聲聞為鈍根，緣覺為利根，故分為二。）煩惱、所知二障，皆可斷者，即立此為如來種性。
    由此可知：本來種性差別，但依有障、無障建立，非依無漏種子有無施設也。
  （2）會地獄成就三根
    問：若唯新熏，何以瑜伽卷五十七載，地獄眾生成就三無漏根之種子？由此可見「無漏種子」法爾本有，不從熏生也！
    答：所謂「地獄眾生成就三無漏種」之言，乃依地獄眾生當來煩惱等有可斷之義，而無漏種有可生義，名為「成就」，非謂無漏種未熏之時，即有其體也。
    以上「種子」由來之第二家說法已研竟。