關於第八識中種子之由來，上來已說護月論師之「唯本有論」，及難陀論師等之「唯新熏論」，今續說護法論師之正義，即「本新合論」。分三點研究：（一）立宗並引證（二）破斥（總結）。今即依序說明之。
  （一）立宗並引證──不論有漏、無漏之種子，各有二類，何等為二？一者「本有種子」，二者「新熏種子」（即「始起種子」）。
    云何「本有種子」？
    （1）先出種體：謂無始來，第八識中，法爾而有四生、五蘊、十二處、十八界之功能差別。（此等種子有生果之作用，故名「功能」，又此等種子，其類非一，故名「差別」
。）
    （2）後引經證：世尊依此，於無盡意經中說：「一切有情，無始時來，有種種界（「界」即「種子」），如惡叉聚，法爾而有。」謂第八識中，法爾而有各類種子，如名叫「惡叉聚」之樹木，其果實三粒同一蒂，當果實落地時，三粒多聚一處，此亦法爾有多品類也。    本有種子，亦名「本性住種」，謂一切種子，與第八識，無始時來，俱時而有，從此能生前七識現行也。
    云何「始起種子」？
    （1）先出種體：謂無始來，數數被現行熏習而有之種子。
    （2）後引經證：世尊依此，於多界經中說：「諸有情心，染淨諸法所熏習故，無量種子之所積集。」謂一切有情之第八識，無始時來由染淨諸法所熏習故，方有無量染淨種子積集於第八識中。
    始起種子，亦名「習所成種」，謂由新熏習所成之種子也，如由納香之篋中取出香，篋內猶存香氣者，乃香熏習所成也。
  （二）破斥──初破護月論知之「唯本有論」，科判如下：（參閱p7上段）
破唯──破其違理──約因緣義    破不從熏生   約因緣義    破由熏增長
本有    破其違教
    今依科判次第說明如下：
    （1）約因緣義破不從熏生──若第八識中之種子，唯是本有，無新熏者，則前七轉識，具能熏之義，何緣不熏？舉例難云：如水既濕，何不潤物？若不潤者，恁麼，則火應不燒，地應不載，風應不動，此例無邊，為大失也！
    易言之：若第八識中，唯本有種子，則第八識與前七識互為因緣之義，即不成立矣！此為大失也！
    如阿毘達磨經云：「諸法於識藏，識於法亦爾，更互為果性，亦常為因性。」「諸法」指前七轉識之現行諸法也，「識藏」即指第八阿賴耶識也。此頌大意為：第八阿賴耶識，與前七轉識之現行法，不論何時，皆展轉相生，互為因果。華嚴鈔云：「七熏八種，七是八因；八含七種，八是七因。」故言互為因果也。
    又攝大乘論亦云：「阿賴耶識與雜染法，互為因緣。」謂第八阿賴耶識中所持之種子為因，能生眼等七轉識之雜染現行諸法，同一剎那，七轉識雜染現行諸法亦為因，而生起第八阿賴耶識中之種子，此即「阿賴耶識」與「離染法」互為因緣之義，如下圖所示：（參閱p7下段）
        所生（果）種生現  能生（因）
七轉識         現              種     第八識
        能熏（因）現熏種  所熏（果）
    蓋唯識宗對於由「種子」變現成「諸法」之關係，最重要者，即為由「三法」所構成之「二重」因果說。所謂「三法」，即指「能生之種子」（本有種子）、「所生之現行」、「所熏之新種」（新熏種子）；所謂「二重」因果，即指「種子生現行」（一重因果）、「現行熏種子」（又一重因果），此三法同時，展轉互成二重之因果也。
    如上所述，試舉二喻說明：
    1 如炷與焰，展轉生燒──炷，燈炷也，即燈心（以毛線作成之細長物）。焰，燈焰也（物體燃燒時發出光與熱之部分）燈炷能生燈焰，燈焰也能燒燈炷，如是炷生焰，如種生現；焰燒炷，如現熏種，展轉相生，互為因果。
    2 如束蘆互相依住──束蘆，乃是綑成一束之蘆葦，蘆葦彼此相依，方能直立，「種子」與「現行」亦復如是，不能獨立也。
    以上二喻（燈炷、束蘆），乃舉增上緣，喻因緣之義也。
    總之：唯依此「種」、「現」二法。互相生義，建立「因緣」，除此，餘法非因緣義。若如護月論師等謂「種子」唯是本有，不由熏生，如何經論皆云「前七轉識」與「第八阿賴耶識」有因緣義？
    （2）約因緣義破由熏增長
    「本有」家救云：「由熏習力，令本有種增長，即可名因緣，故經論云轉識與阿賴耶有因緣義！」
    護法正義破云：「非熏令長，即使可名因緣！應知由熏增長，是增上緣，如善惡業能招感異熟果，即是熏長，非是因緣！唯有熏生，乃可名因緣也。」
    以上破本有家「違理」已竟，以下破彼「違教」：
    成唯識論卷二云：「又諸聖教，說有種子，由熏習生，皆違彼（本有家之）義。」故護月等建立種子唯本有之論，理教俱相違也。
    其次再破難陀論師之「唯新熏論」，科判如下：（表參閱p8下段）
            初明違理──正明違理──斥非──約有為無漏無因破
破唯新熏                            顯正──遮性淨為無漏生因                        通前所引
            次明違教
    今依科判次第說明如下：
  1約「有為無漏」無因破──若第八識中種子，唯是新熏，無本有者，則「有為無漏」（指淨分依他，所謂「四智菩提」也），無因緣故，應不得生，亦即一切有情應永不成佛！
    以上推理，若寫成因明之三段論式即：
    宗──汝初無漏應不得生。
    因──無因緣故。
    喻──如兔角等。
    按：「清淨法界」，乃是「無為無漏」，可非種生。然「四智菩提」淨分依他乃成佛之因，若無本有「無漏種子」為因緣，則如兔角等不得生起。
    「新熏」家救云：「開淨法界等流正法，所起聞熏習，即此聞熏習為無漏種！」
    護法正義破云：「未登地前，在「資糧位」及「加行位」中，所有聞思修慧，俱屬有漏，但可為增上緣，助彼無漏種子，令漸增長，非可作因緣也！設許有漏，為無漏種，亦應無漏，為有漏種！若許無漏種，方可生有漏，則應諸佛已證無漏，仍得生有漏矣！豈有此理也哉！又有漏、無漏，兩性相反，設得互相為種，則善惡二性相反，亦得互相為種乎？」
    開蒙亦云：「若唯新熏，無本有者，上品無漏，無記第八，此上二類，無新熏理！又無本有，從何種生？唯新熏者，不盡此理！」
    以上約「有為無漏」無因破「唯新熏論」已竟。
補白：
（諸經要集）云（大莊嚴論）
佛說偈言：
無病第一利
善友第一親
知足第一富
涅槃第一樂