關於種子之由來，護法正義採「本新合論」，謂種子各有二類，一者本有，二者新熏。護法論師為建立此義，先破護月論師之「唯本有論」，後破難陀論師之「唯新熏論」。上回已釋「破唯本有論」竟，次「破唯新熏論」分二，一者約「有為無漏」無因破，上回亦已研究過。二者遮「性淨」為無漏生因，此即破分別論者諸邪分別也，今即一一解釋之。
    所謂「分別論者」，梵音為「毗婆闍婆提」，譯作「分別論師」，指對未盡之理，更須分析論究，故稱為分別論者。或指大乘異師，或指小乘諸部：大眾部、一說部、說出世部、雞胤部等四部，因彼等亦主張無有「法爾種子」，故今乘便破之。
    先分科如下：（表請參閱p7上段）
破分別論者   （甲）出彼所憑
諸邪分別── （乙）破彼謬解──（子）空理非因難
                               （丑）起心非淨難──（一）相轉體常難                                                   （二）二性應同難                                                   （三）惡與善俱難                                                   （四）不俱非善難                                                   （五）例惡非因難                                                   （六）治障性同難                                                   （七）凡夫起聖難                                                   （八）現種應同難    （甲）出彼所憑
    「分別論者」說：心性本淨，客塵煩惱所染污故，名為雜染，離煩惱時，轉成無漏，即此清淨性，是「有為無漏」之因，可要「本有無漏種子」？
    （乙）破彼謬解
    護法論師破云：汝引分別論者，所說心性本淨等語，以救前過（即無漏無因之過也）今且問汝，彼「心性」言，為說何義？
    （乙子）空理非困難
    汝若說「空理」（即「真如」）為心性，此「空理」是「無為」，非「有為無漏」四智菩提心之因！何以故？「空理」是常法，定非諸法種子故。彼若救言：「常法為種子，於理何妨？」曰：「真如體若許為因，應有取與。今真如體前後無轉變故，無取無與，故不為因。種子六義中，第一義剎那滅，即簡真如等常法非心之因緣，何以故？凡為因者，必有生滅，有取與故。（按「取與」，即「取果」，「與果」之略，取果者謂自此「因」中，取其能產生相應法之力用之果也：反之，從給與力用之一方視之，則萬法將生成時，給與產生結果之力用，則稱為「與果」。）
    （乙丑）起心非淨難
    「起心」，指依他起心也，即依他起心是有漏雜染，非無漏清淨之詰責也，又分八種：    （丑一）相轉體常難
    汝若說「心性」即是指凡夫有漏心（即依他起心）之體，其體本無漏清淨，有煩惱時，其相則染，離煩惱時，即轉成無漏清淨，其體常如！是則應同數論外道所執之「自性」（又名「冥性」、「冥諦」等）為一切現象之生因，即由「自性」可依序展開大等二十三種現象（覺、我慢、五大、十六變異），相雖轉變，而體常一！
    （丑二）二性應同難
    又依他起心（即有漏雜染心），通三性故，汝若說此依他起心之體是無漏清淨，則惡心與無記心，亦應是善心！何以故？以依汝之說法，寫成因明之三段論式即：
    宗──不善、無記，亦應名善。
    因──心性淨故。
    喻──如有漏善。
    即有漏善心之性既是清淨，惡及無記心之性亦清淨故，則惡及無記心，不亦是善乎？  （丑三）惡與善俱難
    又汝若許有漏「不善」亦是「善」，則「有漏不善」應與善心所（即信等十一種善法）相應！寫成因明三段論式即：
    宗──不善等心，應與信等善心所相應。
    因──許有為心（即依他起心），淨類攝故。
    喻──如餘無漏及善心等。
    （丑四）不俱非善難
    汝若不許有漏不善及無記心，與信等十一種善法相應，則有漏不善及無記心之體，應非善心，既然尚不名善，何況是無漏？此即成立不善、無記心性非善！
    （丑五）例惡非因難
    汝若說有漏善心，與信等善心所相應，故可生無漏，是亦不然！何以故？以有漏善心，雖異不善，卻同是雜染！有漏善心，既也是雜染（此「雜染」言，通一切三性有漏法）故如惡心等，性非無漏！既善惡等，皆非無漏，故不應與無漏為因！何以「有漏」不得為「無漏」因？曰：如同善惡等，亦不可互為因！問：為因何辜？曰：違自宗故，非親生故，性相違故！
    總之：此一詰責，寫成因明三段論式即：
    宗──有漏善心，性非無漏，不應與無漏為因。
    因──是雜染故。
    喻──如惡心等。
    （丑六）治障性同難
    又汝若說：「相違得互為因，心雖有漏，性是無漏！」若誠汝所言，則應無漏心性是有漏！何以故？心法是同，差別因緣不可得故。
    （丑七）凡夫起聖難
    再者，若如汝所言：有漏心性是無漏，則流轉於六道中之「異生」（舊譯為「凡夫」，異於聖人之生類也），汎起諸心等時，此心即應名為無漏，以性淨故，如諸聖者無漏之心！若許爾者，即異生位，起心之時，應名聖者！以許現行有漏心性淨故！
    （丑八）現種應同難
    汝若說：「異生心性，雖無漏清淨，然心之行相卻是有漏雜染，故起心不得名為無漏現行！故異生位無有應名聖者之失！」若誠汝所言，汝應當知：現行既非無漏，則心種子，亦非無漏，何故汝分別論中說有異生唯得成就無漏種子？汝應當知：種子與現行，性之與相，皆類同故！
    上來破「分別論者」諸邪分別已竟，以下申經正義。
    外人問曰：「若爾心性淨者，此是何法？」
    正義答曰：心性淨者，具有二義：
    一者謂「二空所顯真如」，即行者修我法二空觀行，斷煩惱所知二障，所顯之真如理體，此真如理體是心之真實性。二者謂「依他心體」，非煩惱故，如瑜伽五十四卷云：「諸識自性非染。」
    具斯二義，名為「性本淨」。
    總之：心性者，真如也，真如無為，非心之因，亦非種子能有果法，如虛空等故，非有漏心性是無漏，名本性淨也。
    上來護法論師破斥種子「唯新熏論」已竟，以下即「顯正」，顯其正義也。
    由以上所說之道理，吾人即應當深信這一切有情，無始時來，就法爾成就本有無漏種子，不由熏生也。此法爾本有無漏種子，雖有生果之功能，若不得「資糧位」、「加行位」二位有漏諸善之資熏、擊發，即不能生起現行，須假資糧、加行二位（又名「勝進位」），有漏諸善，資熏擊發，方能生起現行！當此無漏現行生起時，復熏成無漏種子，而入於「見道位」。用此清淨無漏種子為因，無漏起時，復熏成種，如此種生現，現熏種，展轉增勝，乃至圓滿無上菩提，是故無漏法種，定有「本有」、「新熏」二類。有漏法種，類此應知。
    上來正明「唯新熏論」違理已竟。