東晉到了末年，政治敗壞，地方亂起。後為劉裕平定，建立了劉宋王朝。南方政權由宋、齊、梁、陳四朝相繼掌握，史稱「南朝」。而北方五胡十六國相互割據的形勢，至魏太武帝滅北涼而告結束。後來魏又分裂為東魏和西魏，東魏被北齊所取代，西魏為北周所篡，北周又滅北齊而統一北方。後來，楊堅篡北周，改國號為隋，是為隋文帝。北魏、北齊、北周和隋（滅陳以前），謂之「北朝」。
    南朝宋、齊、梁、陳四朝中，大部分的君主是信奉佛教。如宋文帝、齊高帝、梁武帝等，都是親臨寺院聽聞佛法，對三寶恭敬供養的。尤其是梁武帝，不但自己崇信佛教，更鼓勵公卿王臣也信奉佛教，並且以身作則，聞法、受戒，甚至捨身出家。如此地信奉尊崇佛法，使佛法發展更為迅速。總計傳譯經典者六十餘人，譯出經典四百餘部，造寺八千餘所，僧尼十八萬人。
    南朝最膾炙人口的故事，莫過於梁武帝時達磨西來的事跡。據景德傳燈錄記載，在武帝普通八年，南天竺沙門菩提達磨渡海來到廣州，當時刺史聽說有天竺高僧來，便以大禮相迎，並上表武帝。武帝本是尊崇三寶、好樂佛法之人，對於東來的高僧，豈會放過求法的良機，於是派遣使者迎請至金陵。但是經過一番問答之後，與武帝並不相契。菩提達磨便離開金陵，渡江到北方的嵩山少林寺，面壁枯坐，終日不語。後來有位叫神光的僧人，斷臂求法，達磨祖師感其誠心，就收為弟子，賜名慧可。慧可向祖師說：「我心未安，求師父幫我安心。」祖師回答：「你把心拿來，我替你安。」慧可反觀我心，良久，竟找不到一個心！回答祖師說：「覓心了不可得。」我找了半天，卻絲毫找不到我的心。祖師說：「我已把你的心安好了。」慧可當下大澈大悟，心本不生因境有，既然心是虛妄，又何來安與不安呢？後來達磨祖師便把衣缽傳給慧可大師。    
    後魏孝明帝太和十九年，師化緣已盡，端坐而逝。三年之後，奉命出使西域的宋雲在蔥嶺遇見達磨祖師獨自而行，手中還拿著一隻草鞋。宋雲疑惑地問祖師是要去何處？祖師說要往西天。又說你的主人已厭世。當時宋雲不知是何意思，等回來復命時，原來孝明帝已經駕崩。孝莊帝即位，宋雲向孝莊帝奏明此事，帝命人打開祖師棺木，只見一隻草鞋，師卻已飄然無蹤。舉朝為此驚歎不已，於是孝莊帝下詔，將這隻草鞋供奉在少林寺。（今已不知所在）
    菩提達磨是印度禪宗第二十八祖。從迦葉尊者見佛拈花微笑，得到佛印心與付囑，成為禪宗初祖，之後代代相傳至菩提達磨才傳到中國，所以達磨祖師是中國禪宗初祖，後來傳給二祖慧可大師，直到唐惠能大師為六祖，禪宗大盛。
    梁朝末年，天台宗三祖慧思禪師自北朝來到南朝，正值梁孝元之亂，便止於光州大蘇山。數年之間，從學者日眾。陳天嘉元年，智者大師來拜慧思禪師為師。慧思禪師一見到智者大師，很高興地說：「昔日靈山，同聽法華。宿緣所追，今復來矣。」就為智者大師開示普賢道場，說四安樂行。智者大師就在大蘇山修法華三昧，日夜精勤，用功不懈。經二七日，誦法華經至藥王品「是真精進，是名真法供養如來」時，身心豁然，寂而入定，證法華三昧之前方便「初旋陀羅尼」。從此照了法華，如高暉臨幽谷；通達諸法相，如長風遊太虛。陳光大二年，慧思禪師入荊州南岳山，化道彌盛，世稱「南岳大師」。 
    天台宗始自北齊慧文禪師，師因讀了龍樹菩薩所造大智度論中「三智實在一心中得」之文，依此修心觀。又因讀了中論四諦品偈「因緣所生法，我說即是空。亦名為假名，亦名中道義」，恍然大悟，建立了一心三觀的要旨。而慧思禪師從慧文禪師得觀心之法，圓證法華三昧。後來又授與智者大師，智者大師依此修行，不但證到法華三昧的初旋陀羅尼，並且依法華經建立天台一家教義，用「五時八教」來剖判解釋佛一代教網，使佛說法幽微的旨趣昭然彰顯，後人尊為「東土小釋迦」。所以天台宗遠承龍樹菩薩為初祖，以慧文禪師為二祖，慧思禪師為三祖，智者大師為四祖。因智者大師居於天台山，故以為名。天台宗至此放大光明。
    北朝的佛教，在魏道武帝建國之初，未聞佛法。與晉通聘後。才信奉佛教。帝對三寶竭誠致敬，並下詔興隆佛法、廣建塔寺。至太武帝即位，起初帝亦崇信佛法，後因聽信道士寇謙之饞言而毀謗佛法，進而誅殺僧人，焚燒經像。太平真君七年，又下詔普滅佛法，所有浮圖形像，一切經典，皆擊破焚燒。沙門不論老少，一律坑殺。此即歷史上「三武一宗」滅法的第一武之厄。
  至文成帝即位，乃下詔興復佛法。各地郡縣眾居之所，均建立佛寺。有好樂佛法欲出家者，聽其出家。後又受沙門曇曜之請，在今山西大同西北三十里的雲崗堡武周山北面石崖開鑿窟龕五所，每窟鐫造佛像一尊，高七十尺，崇高雄偉。又在壁面上鐫刻佛像，窮諸巧思，形態各異，駭動人神。而且相連櫛比，長三十餘里。即是雲崗石窟。其後獻文帝、孝文帝又相繼開鑿多處石窟。孝文帝太和十八年，又於洛陽城南伊闕龍門山之斷崖，鑿造石窟，即是龍門石窟。雲崗、龍門二處，不但是我國藝術的精粹，更是崇佛護法精神的展露。
    經過文成帝、獻文帝、孝文帝的興隆，加上諸祖師的弘護，佛法又恢復舊觀，盛極一時。然而在北周武帝時，佛法又遭受另一次災難。武帝相信讖語「黑衣當王」而心忌沙門。又聽了道士張賓和衛元嵩之言，將滅佛法。雖然佛門耆宿大德多方勸諫，都不被採納。乃下詔毀滅境內佛寺經像，僧尼並令還俗。一時北地佛法銷聲匿跡。此即第二武之厄。至宣帝、靜帝相繼即位，才又廣興佛教。詔令上自王公下至黎庶，皆宜修學佛法。並在東西二京立陟岵寺，選懿行貞粹沙門百二十人入寺，廣弘佛化。不久，北周亡，隋文帝又大興弘揚，佛法因此更益興盛。整個北朝一百六十一年中，共譯出經論八十餘部一千九百餘卷，造寺三萬餘所，僧至二百萬。自古佛事圖塔之盛，無出於此。
    綜觀南北朝時期的佛教，承續東晉的發展，也締造了輝煌的成果。不僅塔寺僧侶廣布，深入民心，並且由於經典廣泛傳譯，各宗派思想也逐漸形成其體系。另外佛教對民心風俗、哲學思想文學藝術各方面，都有相當的影響，為中國文化開拓了新的領域。

補白：
大都乘戒俱急 則生品最高
其次戒急 則生最穩
若有乘無戒 多為業力所牽
流入八部鬼神眾生
——西方合論