自元太祖大興蒙古，至世祖統一中原，建立大元帝國，在元朝草創時期，任用了許多賢能的僧人居士：如太祖時之耶律楚材；太宗、定宗、憲宗時之海雲印簡；世祖時之癹思巴及輔世祖成帝業之劉秉忠，皆是戒行精嚴，德能兼備之士，故其參獻良謀，創立制度，拔舉賢才，擔負實政，可說是貢獻功著，所以元朝歷代多保護佛教。世祖定喇嘛教為國教後，更是重用喇嘛，尊為帝師，與論國政，出入無禁。久之，流俗濫廁僧團，惟重幻術，不修三學，專以秘密之名而行欲樂之道，穢亂宮禁；又因帝側不得其人，使西僧國師跋扈於朝，壞亂政綱。至元末二十年間，天下大亂，群雄競起，寺院陵夷，僧人四散，連江南佛教鼎盛之名藍望剎，亦多成煨燼，罕無人煙。
    時至明代，仍是以禪宗、喇嘛祖為盛。太祖原為皇覺寺僧，登位後頗盡力保護佛教，曾著有御製護法集。又為簡束僧徒，恪守戒行；闡揚正教，振興法化，故其禁秘教，明律例，立僧官，定考試。太祖既是寺僧出身，自然曉諳戒律，深知寺院叢林之情形，又以喇嘛教之流弊造成元朝覆滅，故一即位便禁傳秘密教法，杜絕惑亂民心。並敕禮部清理天下僧寺，及條例所避所趨之律令，其條例之嚴明，古來所未有。又於京城內外，各府州縣，均設置僧官，掌理僧事。僧官之制始自姚秦，歷代夙有設置，而明依宋制，且更加嚴密。又敕令設上中下三科，考試天下沙門，能通經典者，給與度牒，一改前代計僧鬻牒之弊。
    洪武十五年，太祖明令將寺院分為禪、講、教三類，僧人亦分居之。禪寺習禪，以見性為宗；講寺弘經，闡明諸經義旨；教寺應赴，乃應俗人之請，為人消災禳福而誦咒行法。將教僧分出，與禪講二僧互為鼎立，是明代佛教之另一特色。此外，太祖於弘通經典亦不遺餘力。鑑於北宋以來刊版之大藏經，因罹元末兵燹，悉歸灰燼，乃於洪武五年，刻大藏經板於南京（南藏），至永樂元年完成。洪武十年，詔天下沙門講心經、金剛、楞伽，三經，命宗泐、如※等註釋頒行。十一年，以佛經有遺佚，敕宗泐領徒三十餘人往西域求之。
    成祖即位，於佛教亦力為護持。嘗命道成、一如等八人，校勘藏經，新舊比對，聚僧寫錄。又彫刻大藏經於北京（北藏），以二副藏經板分置南北二京。永樂十八年，又敕造石刻大藏經板一藏，安置大石洞，興石經寺。並曾自作讚佛偈、金剛經解，以資弘通。此後，諸帝皆奉佛，武宗好佛，且通達梵語，自號「大慶法王西天覺道圓明自在大定慧佛」。唯世宗反之，溺於道教，嘉靖元年毀宮中及京師佛寺，略見排抑。
    明代末年，高僧相繼而去。紫柏達觀、憨山德清、雲棲袾宏、靈峰蕅益，號稱「明末四尊者」。紫柏大師以兩都大藏，印造艱難，且卷帙繁重，更難持行流通，故改刻梵篋為方冊（書本）藏經。萬曆十七年創刻於五臺山，以北藏為基本，對校南藏。後移於徑山，至萬曆卅七年完成，世稱徑山板，即明藏萬曆板。除大藏經外，凡古尊宿語錄及經論文集世所不聞者，盡搜出流行。又重興梵剎十五所。憨山大師，歷參禪宗耆德，明悟心源，興復曹溪祖庭。教學華巖，著述頗富，亦闡揚淨土。晚年曾居廬山數年，效慧遠祖師六時刻漏，專修淨業。雲棲大師，少參遍融禪師有省，刻苦精勵六年。後居雲棲山，復古雲棲寺舊觀，常修念佛三昧，專宏淨土，海內尊為蓮宗八祖。蕅益大師，精研台賢性相，融通禪教律淨，破邪顯正，匡扶戒律，著述宏博，指歸淨土，為蓮宗九祖。
    另有曹洞宗之博山無異，甚宏其道。後有鼓山元賢及弟子道霈，弘禪於清順治、康熙間。天台宗有幽溪傳燈弘於前，靈峰蕅益播於後。賢首宗有金陵雪浪，三演大疏，七講玄義。律宗有古心律師，傳之寂光三昧，昧傳見月讀體，力振律教。是以晚明佛教，道夙一新，雖未及北宋之盛，幸能法脈傳承不輟。
    清代之佛教，以禪淨兩宗為盛。又以滿清未入關前，其部落風信喇嘛，奉為國教。入主華夏後，歷代亦皆保護之。
    世祖明抬歸依禪宗，曾因幸臨海會寺，延見憨璞性聰禪師，奏對稱旨，後召入宮中，宣講佛法，賜紫衣袈裟與明覺之號。其次先後召玄水杲、玉林通琇、茆溪行森、天童道忞等入京諮訪。後又從通琇受菩薩戒，師事琇與其弟子行森。聖祖康熙曾五次朝禮五臺山文殊菩薩道場，又嘗詔兜率本圜禪師入玉泉宮說法，賜金襴袈裟、白拂。並敕編集圓覺、金剛、楞嚴、諸部般若等四函廿二經，於內府出版。世宗雍正少年喜閱內典，後親近章嘉呼圖克圖，得禪宗旨要而窮參力究，大澈大悟。受章嘉印可。即位後，嘗於內廷，提示宗乘，王公大臣得其印可者，凡八人。因取所著述，編為一集，賜名當今法會。後閱指月錄、正法眼藏、傳宗正脈、教外別傳諸書，皆錯雜不倫，故自選古人語句，以示天下禪林，名曰御選語錄。又世宗號圓明，自作圓明居士語錄。雍正十一年，遍閱法藏之五宗原、弘忍之五宗救，及其語錄等，見其知見紕謬，必至瞎人正眼，故著令盡毀其藏經板，並敕天下叢林，凡有此書及板，盡行毀除倘有私藏者，發覺以違律論。又恐或有深受其毒莫能盡吐，乃摘錄其臆見邪說數十條，逐一辨正，通計十萬餘言，名曰御製揀魔辨異錄，命續入大藏，企其除邪說以正人心，振宗風而明祖道。因此印光祖師讚歎是中國歷代皇帝中第一人，以其不僅深入經藏，直達禪源，證涅槃妙心，具金剛正眼。並能於修齊治平之暇，闡拈華直指之宗，此若非法身大士乘願再來，不能如此也。
    世宗又特開藏經館，編刊藏經，於雍正十三年開板，至高宗乾隆三年竣工，即所謂的龍藏。高宗更翻譯金藏經為滿州話，費時十八年，至乾隆五十五年完成。又聖祖曾以滿州滿州語、蒙古語、臘丁語、唐古忒語四體，翻譯翻譯心經。世宗鋟而行之。高宗時，敕精選通梵音者，從西藏、蒙古、滿州及漢譯各大藏經中，將諸咒抄出，詳加訂譯，編為滿漢蒙古西番合璧大藏全咒。爾後又陸續編輯此四譯對照之金剛般若經、四十二章經、大雪輪請雨經等諸經，及加梵語五譯對照之賢劫千佛名經。
    由明末迄於清初二百年間，除有高僧弘揚正法，亦得力於順、雍、乾三代之弘護，使佛法略見復興。律宗見月讀體下，德基、真義、常松等次第相承。禪宗臨濟一派則有天童圓悟、馨山圓修、車溪性沖三系。曹洞宗至清初，惟宗鏡宗書下慧經、圓澄二支傳衍。華嚴宗則有慈雲續法，著述宏富。集一家之綱要，名曰賢首五教儀。復錄成略本，名曰五教儀開蒙。後有達天通理傳續，作五教儀開蒙增註。天台宗，順祖時有天竺、內衡宏揚教觀。康熙時有靈乘、靈耀，耀著四教儀集註節義，乾隆時有性權著天台四教儀註輔宏記。淨土宗至清初有普仁行策、省庵實賢、徹悟際醒宏揚淨土，為蓮宗十、十一、十二祖。
    嘉慶以後，佛教頹蹶不振。既而遭逢太平天國之亂，及晚清綿延而起之戰禍，佛法隕滅殆盡。時至清末，復有各宗宏法大師應時而出，力挽狂瀾。天台宗之諦閑、倓虛；淨土宗之印光；律宗之弘一；禪宗之虛雲、來果；華嚴之月霞、慈舟。兼以石逮楊仁山居士創金陵刻經處，刊印單行本藏經，弘布佛教於海內。又廣求失傳之古本於海外，使隋唐諸宗高德之章疏，復歸中國。於是千百年之絕學，煥然中興。中國佛教史之發展，逮至民國，面對新時代之轉變，新學風新思想之衝擊，亦興起改革運動，為近代佛教史寫下新的一頁。