在此關頭，蕅祖問自己：「正轉像，像轉末，誰思砥柱中流？」身為佛弟子能眼睜睜地看著佛法走進「教法垂世，人雖有秉教，而不能修行證果」的頹敗末運嗎？

    佛法分成正法、像法、末法、滅法四個時期，明朝正逢佛教法運的末法時期，蕅益大師生逢期間，十七歲讀到蓮池大師的自知錄、竹窗隨筆，從此不敢謗佛，可是蓮池大師已往生了。二十四歲時，一個月內三次夢見的憨山大師也已西歸。佛門大德紛紛凋零，只見禪、律、淨、密、教的末流亂象，和正法時期完全走了樣。蕅祖在「山居詩偈」中，指出末法的亂像：
    「律法如亂絲，禪宗更莽鹵；紛紛義學家，猶然水添乳；悠悠淨土門，事理分捨取。各披祖父甲，翻傲負嵎虎。哀哉哀哉，坐致魔軍侮。」
    律宗的律儀如無頭亂絲，禪宗則流於狂禪，研究義理的教下三家，議論紛紛，將個人意見摻入經義，如添水的牛乳。修淨土者則捨事取理，大談唯心淨土、自性彌陀，不肯老老實實地信願念佛。這些宗派，無不披著開山祖師的鎧甲，像一隻據守角落頑強抵抗的老虎，坐待外道魔軍來欺侮。
    在此關頭，蕅祖問自己：「正轉像，像轉末，誰思砥柱中流？」身為佛弟子能眼睜睜地看著佛法走進「教法垂世，人雖有秉教，而不能修行證果」的頹敗末運嗎？於是，他立誓要成為佛門的忠臣烈士，願佛菩薩「照我忠義膽，浴我法臣魂。」點出各宗各派的亂相，深思形成的亂因，提出治亂的辦法，願作眾生之眼，將身為佛法之城。
    今日時隔四百多年了，那隻法運之箭，此刻正在急遽的落下，「禪、律、淨、密、教」的衰相更為不堪，蕅祖診斷的亂相、亂因及撥亂反正，於今依然是學佛人的暗路明燈。今謹就蕅祖的診斷，依亂相、亂因、治亂，說明如下，作修學的借鏡。

    律宗---願羺羊成律麟
    明代律宗的現象，蕅祖說：「律昧持犯源，唯事衣與缽。」（見安居供鬮文）在當時持律者，不明戒律的持與犯，只知在衣缽的外相上著眼。不明「持、犯」的修律人，蕅祖稱為「羺羊戒子」。
    佛法對戒律有「持犯」二種態度，「持」有止持、作持。保持止惡之戒法，防止身口意之惡業，稱為止持。保持作善之戒法，促使三業精進者，稱為作持。犯即侵犯戒律，也有作犯、止犯二種；妄動三業而觸犯止持之法者，稱為作犯。怠慢三業，不修作持之善業者，稱為止犯。
    蕅祖在禮大懺願文，對律宗提出治亂的辦法：
    「願一切持律者，實洞開遮持犯之源，深悟定共道共之法，不以積訛自私，不以習陋滅，常補佛處，不類羺羊。」
    學律之人應明瞭戒律「持、犯」的根本，深入體悟從定慧中，自得防非止惡的「定共戒」，更要發無漏道得「道共戒」，一掃積習，轉而做個具有定共戒、道共戒的「律麟」，而不是只知衣缽的「羺羊戒子」。麟是仁獸，在瑞應圖說麟是「不踐生蟲，不折生草」，含仁懷義，出現在聖王之世，故蕅祖以此勉勵律宗行人。

    禪宗---願野狐成龍象
    明代許多禪家的作風，蕅祖觀察是：
    「禪道迷綱宗，流入一機境，或但尚工夫，或專求向上，或強鑿悟門，或并棄正解，執藥反成痾，戲論妨實詣。」
    這樣的禪客，蕅祖稱作「狂誕狐禪」。狐禪是比喻似是而非的禪，這是出自唐代禪僧百丈懷海開導野狐的一段話。百丈和尚每次開示，有一老人，常隨眾聽法，眾人退下，老人也退。有一天，老人卻不隨大眾退下，百丈和尚遂問：「面前立者復是何人？」老人說：「某甲非人也。於過去迦葉佛時，曾住此山。因學人問：『大修行底人還落因果也無？某甲對云：不落因果。』五百生墮野狐身。今請和尚代答，望能脫野狐身。」遂問：「大修行底人，還落因果也無？」百丈和尚說：「不昧因果。」老人於言下大悟。因此後世凡是所為不契合禪的真義，然卻自許為契合者，都稱作「野狐禪」。
    蕅祖在禮大悲懺願文，對禪客提出建議：
    「願一切禪思者，明識是非，了別邪正，不墮暗證坑，不起增上慢，真參實悟，信戒信聞。」
    學禪之士應信守戒律，研究教理，真參實悟，避免墮入自以為是的暗證陷阱，不可起「未證謂證，未得謂得」的增上慢。如此修禪，可望「從狂誕狐禪，盡轉而為宗說俱通之龍象。」如此，禪者不僅通宗也能通教，成為威猛無比的龍象。象是陸上最有力的動物，佛家常用來對有深勝禪定力者的美稱，具此力用的有德高僧，稱為龍象。

    研教---願蠅子成獅猊
    有明一代研究教理者，蕅祖說：「教失觀行旨，但著名句味。」不知隨文入觀，只知在經典故紙中鑽研，蕅祖稱之為「鑽紙蠅學」。宋代白雲禪師有一首偈云：「為愛尋光紙上鑽，不能透處幾多難；忽然撞著來時路，始覺平生被眼瞞。」研教之人在故紙堆中找尋光明出路，好像蒼蠅想從紙窗鑽出去，那鑽得過去呢？
    如何才能從經典舊籍中找到光明的出路？蕅祖云：
    「願一切演教者，解行雙修，教觀並舉，精嚴律檢，通達禪思，不同說食數寶，善能隨文獲證。」
    理解配合實行，教理與觀照並用，嚴守戒律，通達禪觀。如此就能從「鑽紙蠅學，盡轉而為隨文入觀之獅猊。」研究經典講究隨文入觀，一旦登座說法就像百獸之王獅子吼，能使百獸怖畏屈伏，破除眾生的邪知邪見。