又隨青嶂入雲棲
    三十七歲那年，蓮祖回到杭州養病，還一連參加了五個法會，精進不懈。有一天，在杭州附近的梵村扥缽乞食，見古雲棲舊址山水景色極為幽靜，就在這裡一個人結茅安居下來，準備息影此地，作終老的打算。蓮祖有詩曰：「幾年魂繞浙城西，十里荷花漾錦陂；踏遍兩峰三竺路，又隨青嶂入雲棲。」道出結茅於此的因緣。曾絕糧七日，每日孤坐在寒巖危壁上，胸前掛著一塊鐵牌，上面書寫著八個大字：「鐵若開花，方與人說」，決志遣妄修真。
    雲棲塢經常有老虎出入，山林周圍四十里，受害者眾多，成為當地村民的一個大患，令人苦惱不堪。蓮祖大發悲願，為亡者誦經施食念佛回向，解冤解結；果然精誠所至，此後老虎就不再為患傷人了。有一年大旱不雨，居民請蓮祖祈雨，笑答說：「貧僧只知誦經念佛，並沒有其他的妙法。」禁不住眾人一再誠懇的請求，只得請大家先沐浴齋戒，然後手持木魚，引領大眾循著田埂，虔誠繞行一心唱念佛名，果然沿著蓮祖腳步所到之處，甘霖普降，旱象頓時解除。梵村居民為酬恩報德，發心為蓮祖擴建禪堂、法堂，在禪堂前又增建了雲棲院，在法堂後又建了華藏堂和藏經堂，兩邊各建東西廂房，成為一個三大院、兩堂室、兩廂房的四合院式格局。通往雲棲寺的小徑取名為天竺路，路的兩旁又建有歇腳茅亭，取名三聖亭。從此，雲棲寺便莊嚴的屹立在瑞雲盤佈的雲棲塢中，四方僧人也日漸湧來親近歸附，不久竟成了一座叢林。
    雲棲既無崇高的寺門，也無大殿，唯有禪堂以住僧眾，法堂以奉經律而已。今日的雲棲是清代改建，沒有崇高宏偉的大寺格局，簡樸質實，絲毫不覺華麗奪目，僧眾住的東西廂房設施都是視需要而搭建的，應驗了蓮祖建立叢林的初衷：「予興復雲棲，事事皆出勢所自迫而後動作，曾不強為。」
    蓮祖一生嚴以律己，慈悲濟物，管理寺廟十分周密，量入為出，安排妥貼，即使是一粒米、一根菜莖，也絕不浪費。對僧眾關懷備至，養老病，供僧眾，以致海內僧人擔囊負笈而來，寺內每天食齋者達數百人之多，稍有盈餘，蓮祖便將資財施捨給其他寺廟和附近的居民，自己卻十分節儉，終身穿普通的布衣，一床麻布蚊帳還是母親留下的遺物；平日除非身體欠安，一切內務，都自己動手，連溺器都不讓弟子傾倒，蓮祖以為：「無病，使人出溺器，不祥。」
    禪淨合一歸淨土
    雲棲的宗風以淨土法門為主，冬季坐禪，平時兼講經論，每日有規定的必修課程，每月訂定嚴格的獎懲考核辦法，每年定期列表公佈，建立了良好的僧團制度，以拯救末法修學的弊病。
    蓮祖著作三十餘種，有「雲棲法彙」傳世。著十餘萬言的阿彌陀經疏鈔，融會事理，統攝上中下三種根器的眾生，內容極為淵博深奧，為宏揚淨土的不朽名著。
    蓮祖對華嚴和禪學有極深的造詣，但他思想的歸趣淨土，始終堅守著持名念佛，求生淨土的信念，一生「解在華嚴，行在彌陀」，近人太虛大師云：「由賢教修淨土，須至雲棲祩宏，始卓然為一代大師。雲棲法彙百餘卷，皆教宗賢首，行專淨土，而融通禪律，集各家教義之至文。不惟明季以來，淨土宗風之暢盛得力於師，亦為淨土宗上下千古最圓純的一人。」
    蓮祖和紫柏、憨山、蕅益，並稱為明末四大高僧。他們的思想及其實踐，奠定了近代佛教的具體形態，確定了他們在佛教史上的特殊地位。明代中葉，佛教衰微已極，因四大高僧的積極推動，由此振臂一呼，四方風從，佛教大有迴光返照的現象。
    念佛安然生西方
    八十一歲時，蓮祖自感因緣已盡，往生半個月前，進入城內向弟子們及故舊朋友辭別，只說：「我將要去一個特別的地方！」回到雲棲山後，以茶會向大眾話別，大家都不明瞭他真正的用意。中元佛歡喜日設盂蘭盆會，蓮祖又說：「今年我將不能參與盛會了。」有記事本秘密寫著幾行字：「請雲棲寺直院僧，代為堂上蓮池和尚追薦沈氏宗親」，可見得蓮祖早已預知時至了。
    到了七月初一晚上，蓮祖在法堂上囑咐僧眾說：「明日我就要走了！我的話大家不聽，非得等到跌跌撞撞後，才肯信我。而我猶如風中之燭，已經燈盡油乾了，明天我要遠行了。這『三可惜』、『十可歎』，是我給大家最後的交代話，大家傳著看吧！」話一說完，第二天晚上，進入方丈室，示現些微的疾病，閉目靜坐，不再進食。等到城中弟子們都到齊的時候，又睜開眼睛說：「你們各位都要老實念佛，不可搗亂作怪，壞了我的規矩！」一代大師，萬曆四十三年七月四日午時，就在弟子們的念佛聲中，面向西方安然而往生。雲棲周圍數十里內，聽到大師圓寂消息，無論僧俗，老少男女，如喪考妣，號哭之聲，震響山林。七七日後，奉全身塔於五雲山麓，被尊為淨土宗第八代祖師。 
    蓮祖俗家夫人湯氏，後來也出家，法名祩錦，住持孝義庵，戒行潔白，庵規森嚴，深獲居民的信仰。夫人與蓮祖本閨中佛友，塵緣既盡，各事佛門，偶有相聚，談禪念佛而已。其後安詳念佛而往生，八十高齡的蓮祖親自為其送行，並建骨塔於雲棲寺外西麓，與蓮祖塔墓隔溪相望，實現了同修同證的心願，為千古留下了一段菩提眷屬同生極樂的佳話。
    池裡青蓮無古今
    蓮祖是由宋明佛教過渡到近代佛教的重要人物。蕅益大師稱譽說：「專修淨土，教尚戒律。不拈機緣，不稱方丈。不崇殿閣，不侈衣食。平易老實，力挽浮風。凡警策大眾，開示出生死事，未嘗不聲淚俱下。放生結緣，施食作福，不計其數。」憨山大師在「蓮池大師塔銘」，讚歎蓮祖為佛門中的周孔，是永明大師以來的第一人，推崇備至。
    雲棲勝景依舊，靈塔猶存，但願不久，這竹節萬竿的雲棲，能如乾隆當日所見：「一心念六字真言，衣缽何曾傳子孫；監院歲除依例換，蓮池家法喜猶存。」祖師德風重現於世，還給雲棲本來面目。