朱元璋十分仰重佛教超拔與教化的功能，開國之初，他「憫念四海兵爭，將卒民庶多歿於非命」，認為「非佛世尊不足以度之」（明代宋濂〈佛日普照慧辯禪師塔銘〉）。所以在洪武元年秋天九月、洪武二年春天三月，兩度下詔請江南有戒德的名僧，在蔣山禪寺作隆重的超度法會，並親率群臣向佛菩薩頂禮膜拜。
    洪武三年，因對鬼神之事存有疑問，他又特別詔請了十六位法師，安置在金陵的天界寺，援據經論，詳析鬼神的道理。期間，世人稱為明代「國初第一禪師」的楚石大師，預知時日，因緣示滅。門人將大師的遺體奉在龕中，過了四天，楚石大師的臉色愈加明亮滋潤。朱元璋及大學士宋濂等都趕來瞻仰，無不為大師的入滅而感嘆哀痛。
    佛家多主火葬，有助眾生了知人空法空，但是朱元璋卻嚴令禁止，經禮部奏聞後，朱元璋特別破例讓楚石大師火化，蕅益大師在〈荼毘說〉云：
    「蓋火葬者，所以俾二空觀慧也。凡夫執情重，見理不分明。語以荼毘，詫為不情。楚石大師，示寂於洪武三年，時禁火葬，師欲遵佛制，太祖特為開例。噫！聖賢明達若此！復何疑哉？」
    楚石大師火化時，送者千餘人，火化後，牙齒、舌根、數珠不壞，五色的舍利，紛紛點綴在骨骼上，如珍珠一般累累繁多。一時之間，各方僧俗緇白都來瞻禮，朝野人士驚歎不已。
    朱元璋早年為僧，深知佛法能輔弼政務。即位後，將佛教事務視為朝中大事，對佛教制度、僧寺清規多方整飭。規定每三年發度牒一次，加以考試，不通經典者淘汰。楚石大師以他高遠的道德，讓開國之君朱元璋破例，准許楚石大師遵循佛制，舉行荼毘火化，洪武皇帝也算得上是尊重聖賢，從善如流的天子。